問：我們是一家專業(yè)運(yùn)輸、裝卸企業(yè)，因不符合自開運(yùn)輸發(fā)票條件，發(fā)生運(yùn)輸業(yè)務(wù)時(shí)如對方要求開具運(yùn)輸發(fā)票就按規(guī)定程序向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請代開運(yùn)輸發(fā)票。請問：稅務(wù)機(jī)關(guān)鑒定我公司按收入總額的6%核定應(yīng)納稅所得率計(jì)算征收企業(yè)所得稅。代開發(fā)票按3.3%征收所得。我們公司每月將自開普通發(fā)票與代開運(yùn)輸發(fā)票的收入合并后按6%的應(yīng)稅所得率計(jì)算當(dāng)月應(yīng)繳所得稅，然后減去代開發(fā)票時(shí)已繳的企業(yè)所得稅，按差額申報(bào)當(dāng)月所得稅。但是，稅務(wù)機(jī)關(guān)不允許我們申報(bào)時(shí)抵扣代開發(fā)票時(shí)已繳的企業(yè)所得稅，他們說是根據(jù)國家稅務(wù)總局的規(guī)定，對核定征收企業(yè)不準(zhǔn)抵扣。
我們認(rèn)為：國稅發(fā)［2004］88號文所提到的不準(zhǔn)抵扣是針對定期定額征收企業(yè)所得稅方式的企業(yè)，年度終了不清算，并非針對核定應(yīng)納稅所得率征收方式征收企業(yè)所得稅的企業(yè)。因?yàn)槟甓葏R算清繳政策明確規(guī)定：查賬征收和核定應(yīng)納稅所得率兩種征收方式的企業(yè)都必須進(jìn)行匯算清繳，如果代開發(fā)票時(shí)已繳稅款，不允許抵扣，對運(yùn)輸企業(yè)代開運(yùn)輸發(fā)票的這部分收入如何進(jìn)行年度申報(bào)，一個(gè)專業(yè)運(yùn)輸企業(yè)，所得稅出現(xiàn)兩種稅率如何處理？對我們按收入總額核定征收企業(yè)所得稅的企業(yè)，能正確核算收入，為什么專業(yè)運(yùn)輸企業(yè)不能抵扣代開運(yùn)輸發(fā)票已繳所得稅？如果不能抵扣，如何填寫企業(yè)年度納稅申報(bào)表？適用稅率如何填寫？
答：關(guān)于貨運(yùn)發(fā)票開具問題。國稅發(fā)國稅發(fā)［2004］88號規(guī)定，按代開票納稅人管理的所有單位和個(gè)人（包括外商投資企業(yè)、特區(qū)企業(yè)和其他單位、個(gè)人），凡按規(guī)定應(yīng)當(dāng)征收營業(yè)稅，在代開貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票時(shí)一律按開票金額3%征收營業(yè)稅，按營業(yè)稅稅款7%預(yù)征城建稅，按營業(yè)稅稅款3%征收教育附加費(fèi)。同時(shí)按開票金額3.3%預(yù)征所得稅，預(yù)征的所得稅年終時(shí)進(jìn)行清算。但代開票納稅人實(shí)行核定征收企業(yè)所得稅辦法的，年終不再進(jìn)行所得稅清算。
據(jù)此，貴單位實(shí)行核定征收企業(yè)所得稅辦法的，年終不再進(jìn)行所得稅清算。
目前，稅務(wù)機(jī)關(guān)在企業(yè)所得稅采用定期定額征收只針對個(gè)體工商戶，因此，企業(yè)納稅人預(yù)繳稅款或年終進(jìn)行匯算清繳時(shí)，應(yīng)按規(guī)定填寫《中華人民共和國企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報(bào)表（B類）》，在規(guī)定的納稅申報(bào)時(shí)限內(nèi)報(bào)送主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。
《企業(yè)所得稅核定征收辦法》規(guī)定，對符合查賬征收條件的納稅人，要及時(shí)調(diào)整征收方式，實(shí)行查賬征收。
據(jù)此，貴單位對稅務(wù)機(jī)關(guān)確定的企業(yè)所得稅征收方式、核定的應(yīng)納所得稅額或應(yīng)稅所得率有異議的，應(yīng)當(dāng)提供合法、有效的相關(guān)證據(jù)，稅務(wù)機(jī)關(guān)經(jīng)核實(shí)認(rèn)定后調(diào)整有異議的事項(xiàng)。