隨著新農(nóng)合工作的不斷深入，很多參合農(nóng)民紛紛反映在縣外住院手續(xù)繁瑣、報(bào)銷不及時(shí)等問題。2009年初，甘南縣聘請(qǐng)專家對(duì)現(xiàn)行新型農(nóng)村合作醫(yī)療信息網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行評(píng)估與分析，完善了現(xiàn)有的合作醫(yī)療網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)，升級(jí)了新農(nóng)合管理軟件，借助互聯(lián)網(wǎng)將管理軟件的使用延伸到村，使合作醫(yī)療的管理更先進(jìn)、更便捷。他們還投資30萬元為參合農(nóng)民購買了近20萬張磁卡，使全縣參合農(nóng)民做到了持卡就醫(yī)。

　　目前，甘南縣已確定市級(jí)醫(yī)療機(jī)構(gòu)12家、縣級(jí)醫(yī)療機(jī)構(gòu)5家、鄉(xiāng)鎮(zhèn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)11家、村衛(wèi)生所181家與合作醫(yī)療聯(lián)網(wǎng)結(jié)算，實(shí)現(xiàn)了參合農(nóng)民就醫(yī)補(bǔ)償?shù)臒o縫銜接。