審計機關(guān)針對審計查出的問題下達審計決定，要求被審計單位限時進行整改，是全面履行審計監(jiān)督職責(zé)，依法審計的終極目標(biāo)。通過被審計單位的整改，可以維護國家相關(guān)法律法規(guī)、規(guī)章制度的嚴肅性，追究有關(guān)違紀(jì)違規(guī)人員的責(zé)任，可以起到預(yù)防腐敗的預(yù)警作用。但在現(xiàn)實審計工作中，經(jīng)常出現(xiàn)不和諧的音符，部分被審計單位存在同類問題屢查屢犯，對審計決定要求整改充耳不聞，審計整改情況很不樂觀，存在很大的難點，主要表現(xiàn)在：

　　一、機制不健全。主要體現(xiàn)在目前還沒有出臺圍繞審計整改工作的規(guī)范性規(guī)章制度，還需在制度和機制上進行完善。要出臺關(guān)于審計整改工作的系列規(guī)定，對審計整改工作的各環(huán)節(jié)進行細化，對審計整改工作的效果進行量化，對審計機關(guān)、被審計單位、其它相關(guān)單位的義務(wù)和責(zé)任進行明確。審計機關(guān)成立至今，審計部門要求被審計單位整改僅局限于審計決定書，沒有相關(guān)制度約束被審計單位及主要領(lǐng)導(dǎo)，說到底，被審計單位愿不愿意整改、怎么整改、整改到什么程度，還是取決于被審計單位主要領(lǐng)導(dǎo)，尚若有整改機制約束，特別若有組織監(jiān)督機制約束，那整改效果會很樂觀。

　　二、認識不統(tǒng)一。一是地方領(lǐng)導(dǎo)對審計整改工作還沒引起足夠的重視，缺乏實質(zhì)性的支持力度，整改工作的氛圍不濃，有待進一步改善整改工作的外部環(huán)境。二是審計機關(guān)對于審計整改的認識也不統(tǒng)一，重視違紀(jì)資金的收繳，忽視審計問題的整改，認為審計整改是被審計單位的事情，與審計機關(guān)的關(guān)系不大，沒有將違紀(jì)資金收繳與審計問題整改擺在同等位置，從而也沒有積極督促被審計單位進行整改。三是審計回訪還流于形式，認為審計項目已經(jīng)結(jié)束，違紀(jì)資金已經(jīng)收繳，再到被審計單位會增添麻煩，有些問題被審計單位可能無法整改到位，去了也白搭，因此也就沒去回訪。即使有的進行了審計回訪，也還存在蜻蜓點水，敷衍了事的情況，總之，監(jiān)督被審計單位整改力度不大，整改率較低。

　　三、整改不到位。主要表現(xiàn)在被審計單位存在避重就輕、敷衍了事、故意拖延、蒙混過關(guān)的錯誤認識，即使被要求整改也只是有選擇性整改。對其有利的部分，也無需花資金的容易整改到位；而對于涉及自身利益的追回挪用資金、整改以前年度違紀(jì)違規(guī)等問題，態(tài)度就變得消極，整改很難到位；對于屬于體制、機制范疇的不規(guī)范、不完善、不合理的問題，更不用說，被審計單位無法整改到位。

　　四、督辦不嚴厲。截至目前，審計機關(guān)普遍適用的是“誰審計誰負責(zé)”原則，主要由審計組長或主審人員負責(zé)跟蹤落實被審計單位整改，這樣做的好處在于審計人員熟悉情況，工作可以保持連貫性。但實際情況是審計人員在審計期間已經(jīng)與被審計單位建立一定的聯(lián)系，存在早不見晚見、怕得罪人的思想，加之又比較清楚被審計單位的具體情況，因此在督辦審計整改方面就存在一定的畏難情緒，督促整改不嚴厲，從而導(dǎo)致了“重處罰、輕整改”現(xiàn)象的產(chǎn)生。