對會計檔案進行整理是會計檔案管理的重要內(nèi)容，是保存、利用會計檔案的前提，會計機構(gòu)和會計人員必須認真對待，努力做好。
（1）會計憑證的整理。
會計憑證是會計檔案的重要組成部分�！�會計基礎(chǔ)工作規(guī)范》對會計憑證的整理、裝訂、保管都有明確的要求。會計憑證要做到裝訂整齊、完整、牢固，妥善保管，便于查閱。
整理會計憑證，首先，要把所有應(yīng)歸檔的會計憑證收集齊全，并根據(jù)記賬憑證分類。記賬憑證一般分為現(xiàn)金收、付款憑證，銀行收、付款憑證，轉(zhuǎn)賬憑證，共三類五種。根據(jù)不同的種類，按時間或按順序號逐張排放好。其次，整理記賬憑證的附件，剔除不屬于會計檔案范圍和沒有必要歸檔的一些資料，補充遺漏的必不可少的核算資料。再次，清除訂書針、曲別針等金屬物。最后，將記賬憑證按適當(dāng)厚度分成若干本。將會計憑證整理好后，應(yīng)按照有關(guān)規(guī)定的要求，認真做好會計憑證的裝訂工作。
（2）會計憑證的歸檔。
首先，要認真填好會計憑證的封面。封面各記事欄是事后查賬和查證有關(guān)事項的最基礎(chǔ)的索引和憑證。其次，填好卷脊上的項目。卷脊上一般應(yīng)寫上“×年×月憑證”和案卷號。再次，將裝訂好的憑證入盒，由專人負責(zé)保管。
�。�3）會計賬簿的整理。
年度終了，各種賬簿（包括倉庫的材料、產(chǎn)成品或商品的明細分類賬）在結(jié)轉(zhuǎn)下年、建立新賬后，一般都要把舊賬送交總賬會計集中統(tǒng)一整理。首先，將活頁賬按頁碼順序排好，加封面后裝訂成本。然后，將各種賬簿按照會計科目順序排列，據(jù)以逐本登記會計檔案（會計賬簿）封面。會計賬簿封面的有關(guān)內(nèi)容要寫全。
�。�4）會計報表的整理。
會計報表一般在年度終了后，由專人（一般是主管報表的人員或財會機構(gòu)負責(zé)人）統(tǒng)一收集、整理、裝訂，并立卷歸檔。平時，月（季）度報表，由主管人員負責(zé)保存。年終，將全年會計報表，按時間順序整理裝訂成冊，登記會計檔案（會計報表）目錄，逐項寫明報表名稱、頁數(shù)、歸檔日期等。經(jīng)會計機構(gòu)負責(zé)人審核、蓋章后，由主管報表人員負責(zé)裝盒歸檔。
（5）其他會計資料的整理。
其他財會資料，包括年（季）度成本、利潤計劃、月度財務(wù)收支計劃、經(jīng)濟活動分析報告、工資計算表及一些重要的經(jīng)濟合同，也應(yīng)隨同正式會計檔案進行收集整理。但是，這部分資料不全部移交檔案部門，有的在一個相當(dāng)長時間內(nèi)，由財會部門保存。這就需要認真篩選，把收集起來的這些資料，逐件進行鑒別，將需移交檔案部門保管存放的，按要求另行組卷裝訂，而后移交檔案部門。
會計檔案的整理要規(guī)范化。封面、盒、袋要按統(tǒng)一的尺寸、規(guī)格制作，卷脊、封面的內(nèi)容要按統(tǒng)一的項目印制、填寫。要做到收集按范圍，整理按規(guī)范，裝訂按標(biāo)準(zhǔn)。