企業(yè)所得稅政策中規(guī)定的不征稅收入是由于某種特殊事項獲取的收入，不屬于營利性活動帶來的經濟利益，是法律明確規(guī)定不予征稅的項目。
目前，不征稅收入的企業(yè)所得稅政策主要涉及3個文件，即《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》及《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》，《財政部、國家稅務總局關于財政性基金、行政事業(yè)性收費、政府性基金有關所得稅政策問題的通知》（財稅[2008]151號）和《財政部、國家稅務總局關于專項用途財政性資金有關企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財稅[2009]87號）。
《企業(yè)所得稅法》和《企業(yè)所得稅法實施條例》規(guī)定的不征稅收入包括三類：
一是各級政府對納入預算管理的事業(yè)單位、社會團體等組織的財政撥款；
二是依法收取并納入財政管理的行政事業(yè)性收費和政府性基金；
三是國務院財政、稅務主管部門規(guī)定專項用途并經國務院批準的政府性資金。
財稅[2008]151號文件明確，企業(yè)取得的國家投資、使用后返還本金、財稅主管部門規(guī)定專項用途并經國務院批準的財政性資金為不征稅收入；國務院或財政部批準設立的政府性基金及國務院和省級政府財政價格主管部門設立的行政事業(yè)性收費，按規(guī)定收取并上繳財政的作為不征稅收入；不征稅收入對應的支出不得稅前扣除。
財稅[2009]87號文件明確，對企業(yè)在2008年1月1日至2010年12月31日期間從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，凡同時符合以下三個條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：
一是企業(yè)能夠提供資金撥付文件，且文件中規(guī)定該資金的專項用途；
二是財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；
三是企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨進行核算。
根據(jù)上述政策，在納稅申報時應注意以下問題：
1.事業(yè)單位、社會團體、民辦非企業(yè)單位對不征稅收入及支出的納稅處理與一般企業(yè)不同；
2.不征稅收入納稅調減的同時應相應調增不征稅收入所對應的支出；
3.新《企業(yè)所得稅法》在明確不征稅收入的同時也規(guī)定了國債利息、符合條件的投資收益、非營利組織等免稅收入內容，并廢止了《國家稅務總局關于〈事業(yè)單位、社會團體、民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的通知》（國稅發(fā)[1999]65號）文件，其中事業(yè)單位、社會團體、民辦非企業(yè)單位企業(yè)取得的財政部撥款等9項免稅收入及免稅收入對應支出不得稅前扣除等政策也隨之變化。實際操作中應注意區(qū)分不征稅收入與免稅收入，同時新政策明確只有不征稅收入所對應的支出不得在稅前扣除。
【例】某企業(yè)2009年度取得一筆市財政局撥付的科研經費100萬元，用于研究專項課題。該企業(yè)嚴格執(zhí)行市財政局撥付文件中對此項資金的具體管理要求，并對該項資金的使用單獨核算。其2009年度發(fā)生專項課題研究費35萬元。
1.企業(yè)的賬務處理
（1）收到財政專項撥款100萬元：
借：銀行存款 100
貸：營業(yè)外收入——政府補助收入（科研費） 100
�。�2）支出課題費35萬元：
借：相關科目——其他（科研費） 35
貸：銀行存款 35
2.納稅申報處理
該企業(yè)取得的100萬元政府撥款符合財稅2009[87]號文件中不征稅收入的規(guī)定，同時其對應的專項支出35萬元不得稅前扣除。2009年度納稅申報時：
�。�1）填報附表一（1）《收入明細表》第24行“政府補助收入”100萬元，同時填報附表三《納稅調整項目明細表》第19行“其他”的第四列“調減金額”100萬元。
�。�2）填報附表二（1）《成本費用明細表》第24行“其他”35萬元，同時填報附表三《納稅調整項目明細表》第38行“不征稅收入用于支出所形成的費用”第3列“調增金額”35萬元。