時下，一些有經濟實力的企業(yè)依據(jù)《企業(yè)年金試行辦法》（勞動和社會保障部令第20號）的規(guī)定，相繼為其職工建立了企業(yè)補充養(yǎng)老保險。近期，稅務部門在對一些企業(yè)2009年度個人所得稅全員全額扣繳明細申報進行復核時，發(fā)現(xiàn)有的企業(yè)并未正確理解年金個稅扣繳中的相關稅收政策規(guī)定，在個稅計算中與基本養(yǎng)老保險、商業(yè)性補充養(yǎng)老保險的相關操作性規(guī)定相混淆。為此，稅務部門在對這些企業(yè)進行政策輔導的同時，并要求其重新進行個稅申報。
基本養(yǎng)老保險單位和個人按規(guī)定比例繳納的部分，個稅按規(guī)定免稅，超標部分并入當月工資、薪金所得合并計算。
《財政部、國家稅務總局關于基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、住房公積金有關個人所得稅政策的通知》（財稅[2006]10號）規(guī)定，企事業(yè)單位按照國家或�。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市）人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費免征個人所得稅，同時對個人按照上述規(guī)定實際繳付的基本養(yǎng)老保險費允許在個人應納稅所得額中扣除。
企事業(yè)單位和個人超過規(guī)定的比例和標準繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，應將超過部分并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。
比如，某電信企業(yè)職工李某2009年3月取得工資、薪金5000元（不考慮其他相關社會保險費等），當?shù)卣?guī)定基本養(yǎng)老保險繳納比例，單位繳納的比例為工資總額的20%，個人為8%。企業(yè)按工資總額40%的比例為李某繳付養(yǎng)老保險2000元（5000元×40%），按當?shù)卣?guī)定的20%比例計算的數(shù)額應為1000元（5000元×20%），即企業(yè)超標準為李某支付養(yǎng)老保險1000（2000－1000）元；按工資總額8%的比例代扣其個人應負擔的養(yǎng)老保險400元（5000×8%），符合當?shù)卣?guī)定的比例。因此，按照財稅[2006]10號文件的規(guī)定，李某養(yǎng)老保險個人負擔部分不超標可按規(guī)定扣除，但對單位超過規(guī)定比例為其負擔的1000元養(yǎng)老保險應并入其當期的工資、薪金收入，合并計征個人所得稅。則李某2009年3月份應當繳納的個人所得稅415元，即[5000－400＋（2000－1000）－2000]×15%－125。
也就是說，對基本養(yǎng)老保險的個稅計算，只要是按國家規(guī)定比例和標準繳納，無論是單位繳納還是個人繳納的部分均免征個稅，但超過上述規(guī)定比例和標準的部分則應并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。
商業(yè)性補充養(yǎng)老保險直接并入當月工資、薪金所得計算繳納個稅。
這里的政策規(guī)定，主要涉及的是企業(yè)為職工向商業(yè)性保險公司繳納的補充養(yǎng)老保險。根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于個人所得稅有關問題的批復》（財稅[2005]94號）及《國家稅務總局關于單位為員工支付有關保險繳納個人所得稅問題的批復》（國稅函[2005]318號）規(guī)定，企業(yè)為員工支付各項免稅之外的保險金，包括為職工個人購買商業(yè)性補充養(yǎng)老保險等，應在企業(yè)向保險公司繳付時（即該保險落到被保險人的保險賬戶）并入員工當期的工資收入，按工資、薪金所得項目計征個人所得稅，稅款由企業(yè)負責代扣代繳。同時，《國家稅務總局關于企業(yè)年金個人所得稅征收管理有關問題的通知》（國稅函[2009]694號）也明確規(guī)定，對個人取得該通知規(guī)定之外的其他補充養(yǎng)老保險收入，應全額并入當月工資、薪金所得依法征收個人所得稅。
如某單位2009年度分別為其公司高層人員向當?shù)乇ｋU機構辦理了10000元的商業(yè)補充養(yǎng)老保險，但這10000元應并入該人員當月工資、薪金收入，合并計算繳納個人所得稅。
年金個稅計算應把握“四不”原則。
企業(yè)年金，是指企業(yè)及其職工在依法參加基本養(yǎng)老保險的基礎上，自愿建立的補充養(yǎng)老保險。企業(yè)年金基金由企業(yè)繳費、職工個人繳費和企業(yè)年金基金投資運營收益組成。為此，企業(yè)應區(qū)分上述基本養(yǎng)老保險與商業(yè)養(yǎng)老保險的個稅繳納規(guī)定，結合國稅函[2009]694號文件精神，對年金中的企業(yè)及個人繳費部分的個稅計算著重把握以下“四不”原則。即企業(yè)年金的個人繳費部分，不得在個人當月工資、薪金計算個人所得稅時扣除；企業(yè)年金的企業(yè)繳費計入個人賬戶的部分，一是不與正常工資、薪金合并，單獨視為一個月的工資、薪金。二是不扣除任何費用，對企業(yè)按季度、半年或年度繳納企業(yè)繳費的，在計稅時不得還原至所屬月份，應均作為一個月的工資、薪金。
例如，某公司從2009年1月份起建立企業(yè)年金基金，企業(yè)繳費部分為上年度職工工資總額的4%，個人繳費部分為4%。該公司員工趙某，2009年12月份工資、薪金收入為6000元（不考慮社會保險費等的扣繳），企業(yè)為其代扣年金240元，企業(yè)繳費的年金為240元，則趙某的個人所得稅應根據(jù)上述原則做如下計算扣繳。
當月發(fā)放工資及單位和個人年金繳費部分的個人所得稅處理為：工資、薪金應繳納個人所得稅，（6000－2000）×15%－125=475（元）（這里不得扣除企業(yè)年金個人繳費部分240元）；企業(yè)繳費年金部分應繳個人所得稅240×5%=12（元）。
假如該公司采取于2009年底一次性為職工繳納年金，其他條件不變，則趙某12月份工資、薪金個人所得稅仍為475元，但企業(yè)繳年金金額則為2880元（240×12），但在計稅時不得還原至所屬月份，均作為一個月的工資、薪金，即繳個稅307元（2880×15%－125）。需要說明的是，企業(yè)一次性繳納的年金，不屬于一次性獎金，不能按照《國家稅務總局關于調整個人取得全年一次性獎金等計算征收個人所得稅方法問題的通知》（國稅發(fā)[2009]9號）的規(guī)定，將上述一次性繳納的年金除以12個月，按其商數(shù)確定適用稅率和速算扣除數(shù)的辦法來計算繳納個人所得稅。
另外，對于企業(yè)直接向職工發(fā)放的補充養(yǎng)老保險，根據(jù)《國家稅務總局關于企業(yè)發(fā)放補充養(yǎng)老保險金征收個人所得稅問題的批復》（國稅函[1999]615號）的規(guī)定，對在職職工取得的該筆所得，應全額計入發(fā)放當月個人的工資、薪金收入，合并計征個人所得稅。