按照增值稅條例規(guī)定，為生產(chǎn)免稅貨物而耗用的原材料的進項稅額不得抵扣，也就是要將這部分進項稅轉(zhuǎn)出計入成本。但是在購進項目部分用于應(yīng)稅項目部分用于免稅項目的情況下，對于免稅項目應(yīng)轉(zhuǎn)出的進項稅額，普遍認(rèn)為比較科學(xué)的方法是采用銷售額比例法，即用免稅項目的銷售額占總銷售額的比例來計算分?jǐn)倯?yīng)轉(zhuǎn)出的進項稅額。會計分錄如下：
借：主營業(yè)務(wù)成本
貸：應(yīng)交稅費——應(yīng)交增值稅（進項稅額轉(zhuǎn)出）
按照增值稅專用發(fā)票管理規(guī)定，銷售免稅項目除國家另有規(guī)定外，不得開具專用發(fā)票。有人認(rèn)為，免稅項目在會計處理時，不產(chǎn)生應(yīng)交稅費的貸項。但從計稅原理上說，增值稅是對商品生產(chǎn)和流通各個環(huán)節(jié)的新增價值或附加值進行征稅。免稅項目在流轉(zhuǎn)過程中仍然會有新增價值，即仍然負(fù)有納稅義務(wù)，而免稅則是國家出于特定目的將本該征繳的稅額不予征繳，作為國家對納稅人的一種“補貼”；而且，增值稅實行稅負(fù)轉(zhuǎn)嫁，納稅人和負(fù)稅人可能不是同一主體，所以，這里的免稅只能是針對納稅人而言，而負(fù)稅人則不一定享有這種優(yōu)惠，即納稅人銷售免稅項目，盡管不能開具增值稅專用發(fā)票，但其開具給買方的普通發(fā)票金額應(yīng)該是銷售額和銷項稅額的合計數(shù)，并且按合計數(shù)收取款項。如果不向購買方收取銷項稅額，納稅人的“補貼收入”又從何而來呢？所以，會計分錄如下：
借：銀行存款或應(yīng)收賬款
貸：主營業(yè)務(wù)收入（不含稅收入）
應(yīng)交稅費——應(yīng)交增值稅（銷項稅額）
同時，再將銷項稅額中的金額作為應(yīng)免征的稅額進行結(jié)轉(zhuǎn)，會計分錄為：
借：應(yīng)交稅費——應(yīng)交增值稅（減免稅款）
貸：主營業(yè)務(wù)收入
這樣處理的理由是：在《企業(yè)會計準(zhǔn)則第16號——政府補助》應(yīng)用指南的第二條第三款中明確規(guī)定：“除稅收返還外，稅收優(yōu)惠還包括直接減征、免征、增加計稅抵扣額、抵免部分稅額等形式。這類稅收優(yōu)惠并未直接向企業(yè)無償提供資產(chǎn)， 不作為本準(zhǔn)則規(guī)范的政府補助。”據(jù)此，我們可以肯定直接免征增值稅的優(yōu)惠不能按照政府補助進行會計處理。在排除了“政府補助”的會計處理方式后，仍然沒有相關(guān)的指導(dǎo)性文件來明確此類稅收優(yōu)惠的會計處理。因此仍存在會計處理困境。再根據(jù)《企業(yè)會計準(zhǔn)則第14號——收入》對收入的定義：“收入，是指企業(yè)在日�；顒又行纬傻�、會導(dǎo)致所有者權(quán)益增加的、與所有者投入資本無關(guān)的經(jīng)濟利益的總流入”，企業(yè)享受增值稅直接免征形成的經(jīng)濟利益流入應(yīng)該是完全符合收入的定義，因此應(yīng)該將其納入收入的范疇。根據(jù)財政部會計司司長劉玉廷同志的《關(guān)于企業(yè)會計準(zhǔn)則體系幾個具體問題的說明》中對收入和費用的定性：“收入或費用突出日�；顒�，只有企業(yè)日�；顒有纬傻慕�(jīng)濟利益的流入或流出才構(gòu)成營業(yè)收入或成本，非日�；顒有纬傻慕�(jīng)濟利益流入或流出屬于利得或損失，計入營業(yè)外收入或支出。”根據(jù)這一段對收入的明確定性分類，我們不難看出，企業(yè)免征增值稅形成的收入是與企業(yè)日�；顒用懿豢煞值�。所以企業(yè)免征增值稅形成的收入應(yīng)該列入企業(yè)的“營業(yè)收入”，并且是“主營業(yè)務(wù)收入”。
二、如果納稅人銷售的項目全部免征增值稅
如果納稅人銷售的項目全部屬于增值稅的免稅項目，有兩種情況：
1.如果納稅人開始購進貨物或者勞務(wù)時不準(zhǔn)備或者不明確要用于免稅項目，而且生產(chǎn)過程中其用途發(fā)生了改變，最終全部用于免稅項目，即納稅人對外銷售的全部是增值稅免稅項目，其會計處理可比照第（一）種情況進行。
2.如果納稅人購進貨物或勞務(wù)時已經(jīng)明確要用于免稅項目的生產(chǎn)或者銷售，其購進項目的進項稅額應(yīng)計入采購成本，因而也不存在進項稅額轉(zhuǎn)出以及減免稅款等問題。