企業(yè)采用匯總納稅方式，主要有以下幾方面的優(yōu)勢：
第一，成員企業(yè)之間的盈利和虧損可以互相抵補，即集團內(nèi)一家企業(yè)的損失可抵消其他企業(yè)的利潤，企業(yè)總體上就可以利用時間性差異遞延納稅時間，獲取一定的稅收利益，這相當于稅務(wù)機關(guān)提供了一筆無息貸款，有助于企業(yè)發(fā)展。
第二，稅法規(guī)定在稅前列支有限額的費用（如業(yè)務(wù)招待費、廣告費、業(yè)務(wù)宣傳費）可以在整個集團內(nèi)部調(diào)劑使用，從而使整個集團的稅收負擔更趨合理。
匯總納稅的風險：
第一，由于稅法和會計制度存在一定差異（新會計準則頒布實施后，差異愈加明顯），加之各地區(qū)稅務(wù)機關(guān)在理解及執(zhí)行政策尺度、口徑上可能存在一定的差異，匯總納稅企業(yè)在開展匯算清繳工作時會有一定難度。此外，匯總納稅在技術(shù)處理上比較復(fù)雜，需要輔之以先進的內(nèi)部監(jiān)控審核手段，對所有涉稅流程進行嚴格規(guī)范，對企業(yè)的實際納稅操作提出了更高的要求，有可能增加相關(guān)成本。
第二，新的匯總納稅辦法的實施帶來的風險。
我國的匯總（合并）納稅政策起源于1994年，對經(jīng)國務(wù)院批準或按國務(wù)院規(guī)定條件批準，實行匯總（合并）繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)集團總分公司的匯總納稅和母子公司的合并納稅，實行層層申報、逐級匯總、屬地監(jiān)管的稅收管理模式，無論是總分體制的各級分公司，還是母子體制的各級子公司，均作為“成員企業(yè)”在當?shù)厣陥蟛⒔邮墚數(shù)囟悇?wù)機關(guān)的監(jiān)管和檢查；新稅法法人所得稅制的實施，判定所得稅納稅人的標準由原來能夠“獨立核算企業(yè)”變?yōu)楝F(xiàn)在的“法人企業(yè)”。這一標準的變化，使匯總納稅企業(yè)的納稅方式發(fā)生了改變。新稅法按法人納稅后，母子體制的公司分別納稅，跨地區(qū)經(jīng)營的匯總納稅企業(yè)只管理到二級分支機構(gòu)，分支機構(gòu)只在屬地按分配表預(yù)繳稅款而不再進行匯算清繳，這種體制變化的結(jié)果是幾乎在一夜之間，全國就取消了數(shù)十萬計的二級以下分支機構(gòu)的“所得稅納稅人”，而伴隨這幾十萬納稅人同時取消的，還有對這些“成員企業(yè)”的失于監(jiān)管。因此，其中之風險可想而知。