歷年來，有許多審計專業(yè)論文闡述了在商業(yè)體系中建立完善有效的內(nèi)部控制系統(tǒng)的必要性和優(yōu)點。對公司的財務人員、經(jīng)理和審計人員（包括內(nèi)審和外審）的必要培訓中一般會涉及到內(nèi)部控制制度的理解、設計、監(jiān)控和檢討。上述人員都認同內(nèi)部控制制度的重要性，但是，他們常常忽視內(nèi)控手段的一些缺陷。恰恰正是這些缺陷，需要他們提供有效的監(jiān)控。

　　內(nèi)控的限制列示如下：

　　1、管理層一般要求實施特定的內(nèi)控手段的成本不高于相應的預期受益；
　　2、大多數(shù)內(nèi)控傾向于對常規(guī)業(yè)務的控制，而忽視了非常規(guī)業(yè)務；
　　3、內(nèi)控環(huán)節(jié)常常被企業(yè)中互相勾結的員工，甚至管理層成員回避開；
　　4、存在負責內(nèi)控環(huán)節(jié)的員工濫用權利的可能性，如企業(yè)的管理層可以超越某些特定的內(nèi)控措施；

　　還有，可能發(fā)生人為的錯誤和誤差，如，判斷失誤，指令誤解，疏忽大意等。

　　這些缺陷主要有兩個層次。第一個層次的問題可以歸結為系統(tǒng)計劃與實施階段的低效率或疏忽。這種系統(tǒng)缺陷比較容易被相關負責人員——例如：審計師在評價過程及其擴展審計程序中——發(fā)現(xiàn)并補救。如果這種缺陷非常重大，將上報管理層予以糾正。第二個層次的問題則較復雜，是由內(nèi)控系統(tǒng)內(nèi)在特點引起的。

　　除了現(xiàn)代科學手段，控制手段的實施效果最終取決于控制者的道德水準?；镜膬?nèi)部控制是為了控制人性的缺點，例如錯誤或謊言。當執(zhí)行者互相勾結時，內(nèi)控系統(tǒng)將不能夠發(fā)揮任何作用。這些人性的缺點，既提高了實施內(nèi)控系統(tǒng)的必要性，也會瓦解某些特定的內(nèi)控系統(tǒng)。

　　通常在企業(yè)中，達到足夠高得管理層面之后，將沒有更高級別的管理層進行監(jiān)督。除了審計師，這一層次管理者的決策將沒有任何形式的監(jiān)管。因此，在實踐中，高級職員的舞弊行為經(jīng)常不被察覺，往往是因為高級管理層出于個人目的卷入了這種同謀活動中。在這種案例中，一個顯而易見的問題是：理論上的“雙重控制”在實踐中是否真正有效？

　　第二個內(nèi)控系統(tǒng)的固有限制是在上述管理層次中的信息溝通問題。管理層必須向下授權，同樣的，政策和指引也是自上而下的。問題產(chǎn)生在需要自下而上傳遞信息的環(huán)節(jié)。當這些向上傳遞的信息將引起批評或檢討時，就容易在上傳過程中被中斷。因此，高層管理者將無從獲知這些已存在的并且可能對政策制訂產(chǎn)生重大影響的信息。
最后一點是在小規(guī)模企業(yè)中常見的一種情況。在這種規(guī)模的企業(yè)運作中，人們往往忽視了少數(shù)雇員兼顧多種職能，甚至是互相制約的職能的情況，這導致內(nèi)控系統(tǒng)難以落到實處。自動控制的概念難以適用，受經(jīng)濟條件的限制，雇員缺乏工作經(jīng)驗，造成企業(yè)安全設施的不充分；受限制的潛在市場和擴張機會，導致內(nèi)控制度進入進退兩難的境地。處理小規(guī)模企業(yè)的案例時，審計師們有時傾向于照搬大企業(yè)的制度標準，卻忽視了這些顯然無法逾越的問題。

　　以下幾種方案可以幫助抵消上述缺陷。第一，管理層要不斷研究改進主要的內(nèi)控系統(tǒng)。系統(tǒng)應具有一定的彈性和敏感度。第二，小心選擇雇員，管理層應熟悉雇員的信用背景，對雇用期間的表現(xiàn)評價、實際能力和缺點等方面建立員工檔案。第三，除了特定的會計評價外，盡量從多種渠道獲得關于內(nèi)控系統(tǒng)的報告。

　　另一種更顯而易見的方案是建立內(nèi)審部門。內(nèi)部審計師總是能夠有效地、強有力地保障完整的內(nèi)控系統(tǒng)。通過內(nèi)審部，那些源自基層的詳盡信息將很方便地傳達到管理層。

　　當然，還有一種方案：考慮外部審計師或獨立審計師提供服務。這種方案在評價現(xiàn)有內(nèi)控制度之后，審計師可以很大程度上依賴相關會計紀錄的準確性，有更多時間去評價高級管理層的行為，特別是對于非常規(guī)交易，進行必要的審計測試。

　　對于小規(guī)模企業(yè)的解決方案是：充分利用復式記賬的會計系統(tǒng)；加大管理層監(jiān)管。

　　前一種方案強調會計人員必須精通業(yè)務并且誠實可靠。后一種方案，管理層或是業(yè)主本人有目的地監(jiān)控某些交易，對每日的商業(yè)活動保持近距離接觸，擔負起許多日常工作，盡可能少授權。對于小規(guī)模企業(yè)來說，在某些專業(yè)領域中，對律師、保險咨詢?nèi)?、或獨立會計師、審計師的專業(yè)意見會出現(xiàn)階段性的要求。小規(guī)模企業(yè)雇用審計師的優(yōu)勢不僅僅局限在審計報告上，更重要的是審計師對發(fā)展變化的內(nèi)控制度的建議。

　　任何一種內(nèi)控制度都是針對某一類已確定的缺陷，隨著不斷的研究改進，一個完整的系統(tǒng)將會很大程度地克服上述種種不足之處。