1.出租房屋稅負較高。
其稅種及稅率為：營業(yè)稅3%～5%、房產稅4%～12%、城市建設維護稅0.7%、教育費附加3%，個人所得稅10%～20%，印花稅1‰，不計地方性的各種收費，總體稅率就近30%，如果加上土地使用稅等則更高。出租房屋行業(yè)涉及稅種之多、總體稅率之高，給征管工作加大了難度。
2.房屋租賃關系及租金難以確定。
房屋出租行為一般十分隱蔽，房屋出租戶、承租人往往只是口頭商定租賃關系，沒有規(guī)范的文書和賬據，這是征管難的重要原因之一。
3.房產稅征收形式存在問題。
目前我國房產稅主要有兩種征收形式，從價（價值）計征和從租（租金）計征。從價計征是依照房產原值一次減除10％~30％后的余值為計稅依據，稅率為1.2%.從租計征是以房屋出租取得的租金收入為計稅依據，稅率為12%.以房產原值作為計稅依據，存在稅收收入與房地產價值背離問題；而從租計征又難以把握實際租金。
4.部門之間沒有構建協作機制。
目前與房屋出租管理有關的部門有公安、外來人口管理、街道、居委會、房管局和稅務機關等，但是各部門之間缺乏行之有效的協作配合，不能形成齊抓共管的合力。