我國土地增值稅征收一般是采取先預(yù)征后清算的征收管理辦法。與企業(yè)所得稅按年度匯算清繳不同的是，土地增值稅清算是對單個開發(fā)項目進行清算，其清算時限主要是受項目開發(fā)銷售時間的影響，不受年度的限制，且開發(fā)項目有增值額則納稅，無增值額則不納稅。本文針對該稅種的清算提出以下五個關(guān)鍵點。
第一是要注意清算的時限。
我們可以這樣理解：清算之前都是預(yù)繳；達到清算時限條件時則不再預(yù)繳，必須按規(guī)定進行清算，多退少補。
土地增值稅清算分為兩種情況：一是納稅人應(yīng)該主動進行清算；二是由稅務(wù)機關(guān)要求納稅人清算。對于前者是納稅人的法定義務(wù)，不清算則要受到處罰。而對于后者，稅務(wù)機關(guān)不要求納稅人清算的，則可以不必主動進行清算。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）規(guī)定：
（一）符合下列情形之一的，納稅人應(yīng)進行土地增值稅的清算：
1.房地產(chǎn)開發(fā)項目全部竣工、完成銷售的；
2.整體轉(zhuǎn)讓未竣工決算房地產(chǎn)開發(fā)項目的；
3.直接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的。
（二）符合下列情形之一的，主管稅務(wù)機關(guān)可要求納稅人進行土地增值稅清算：
1.已竣工驗收的房地產(chǎn)開發(fā)項目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%,但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；
2.取得銷售（預(yù)售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；
3.納稅人申請注銷稅務(wù)登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；
4.省稅務(wù)機關(guān)規(guī)定的其他情況。
第二是要劃分清算單位。
以什么單位作為清算單位也是土地增值稅清算需要把握的關(guān)鍵。因為對一個開發(fā)項目中劃分不同的清算單位，會產(chǎn)生不同的清算結(jié)果�！锻恋卦鲋刀悤盒袟l例實施細則》第八條規(guī)定：土地增值稅以納稅人房地產(chǎn)成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。但是納稅人在最基本核算項目或核算對象中，有些開發(fā)產(chǎn)品是免稅的（如增值率不超過20%的普通標(biāo)準(zhǔn)住宅），有些是應(yīng)稅的，因此，稅法要求，對于這種情況還要細分清算項目�！秶叶悇�(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）就清算單位問題規(guī)定，土地增值稅以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項目為單位進行清算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位清算。開發(fā)項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應(yīng)分別計算增值額。對于一個核算項目或核算單位中，納稅人不分開計算增值額的，則免稅開發(fā)產(chǎn)品不能享受免稅政策。
第三是要掌握扣除項目分?jǐn)傄罁?jù)。
房地產(chǎn)開發(fā)項目的扣除項目雖然是按開發(fā)項目的實際成本歸集計算的，但有些扣除項目（如基礎(chǔ)設(shè)施費、配套設(shè)施費等）不是直接屬于某一個項目的，需要由多個清算項目共同享用的，這就需要將這些需要共同分擔(dān)的成本費用通過合理的方法歸入每個清算項目。土地增值稅不同清算項目共同的成本費用分?jǐn)傊饕皇前错椖拷ㄖ娣e，也不是按項目實際占用面積，而是按可售面積分?jǐn)�。國稅發(fā)〔2006〕187號規(guī)定，屬于多個房地產(chǎn)項目共同的成本費用，應(yīng)按清算項目可售建筑面積占多個項目可售總建筑面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項目的扣除金額。
第四是利息計算有特別規(guī)定。
首先，開發(fā)項目的利息支出與企業(yè)所得稅計算不同，它不能夠資本化處理，即不能計入開發(fā)成本，更不能作為加計扣除基數(shù)。企業(yè)在會計上已經(jīng)將開發(fā)成本完工前的利息實行資本化處理的，在計算土地增值稅時需要調(diào)整出來單獨計算。其次，單獨計算清算項目的利息支出時，有兩種方法。
《土地增值稅暫行條例實施細則》第七條規(guī)定，利息支出，凡能夠按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項目計算分?jǐn)偛⑻峁?a href="http://m.jnjuyue.cn/web/licai/" target="_blank" class="bule">金融機構(gòu)證明的，允許據(jù)實扣除，但最高不能超過按商業(yè)銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產(chǎn)開發(fā)費用（即管理費用和銷售費用），按土地價款和開發(fā)成本計算的金額之和的5%以內(nèi)計算扣除。凡不能按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項目計算分?jǐn)偫⒅С龌虿荒芴峁┙鹑跈C構(gòu)證明的，房地產(chǎn)開發(fā)費用按土地價款和開發(fā)成本計算的金額之和的10%以內(nèi)計算扣除。
第五是只要是開發(fā)房地產(chǎn)的納稅人，就可以享受加計20%扣除。
《土地增值稅暫行條例實施細則》第七條就增值稅扣除項目規(guī)定，根據(jù)條例第六條（五）項規(guī)定，對從事房地產(chǎn)開發(fā)的納稅人可按本條（一）、（二）項規(guī)定計算的金額之和，加計20%的扣除。根據(jù)條例第六條（五）項規(guī)定是指"財政部規(guī)定的其他扣除項目",而（一）、（二）項則是指"取得土地使用權(quán)所支付的金額"和"開發(fā)土地和新建房及配套設(shè)施的成本".對于這條規(guī)定，有的人認為只有具備房地產(chǎn)開發(fā)資質(zhì)的企業(yè)開發(fā)的房地產(chǎn)項目，才可以享受加計20%扣除，而其他企業(yè)開發(fā)房地產(chǎn)項目的，由于不具備開發(fā)資質(zhì)，所以不能享受。其實，上述稅法規(guī)定中并未強調(diào)"資質(zhì)"條件，也就是說，無論是否具有房地產(chǎn)開發(fā)資質(zhì)，只要是開發(fā)了房地產(chǎn)項目的企業(yè)，均可以實行扣除項目加計扣除。