軟件企業(yè)增值稅實際稅負超過3%而取得的即征即退稅款是否屬于不征稅收入？企業(yè)將這部分資金用于研究開發(fā)軟件產(chǎn)品和擴大再生產(chǎn)，相應(yīng)的成本費用能否在計算應(yīng)納稅所得額時扣除？
根據(jù)《財政部、國家稅務(wù)總局、海關(guān)總署關(guān)于鼓勵軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)發(fā)展有關(guān)稅收政策問題的通知》（財稅[2000]25號）規(guī)定，自2000年6月24日起至2010年底以前，對增值稅一般納稅人銷售其自行開發(fā)生產(chǎn)的軟件產(chǎn)品，按17%的法定稅率征收增值稅后，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行即征即退政策。所退稅款由企業(yè)用于研究開發(fā)軟件產(chǎn)品和擴大再生產(chǎn)，不作為企業(yè)所得稅應(yīng)稅收入，不征收企業(yè)所得稅。但是，《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于財政性資金、行政事業(yè)性收費、政府性基金有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅[2008]151號）規(guī)定，企業(yè)的不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。
《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財稅[2008]1號）規(guī)定，軟件生產(chǎn)企業(yè)實行增值稅即征即退政策所退還的稅款，由企業(yè)用于研究開發(fā)軟件產(chǎn)品和擴大再生產(chǎn)，不作為企業(yè)所得稅應(yīng)稅收入，不征收企業(yè)所得稅�！�財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于專項用途財政性資金有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題》（財稅[2009]87號）第一條規(guī)定，對企業(yè)在2008年1月1日至2010年12月31日期間，從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應(yīng)計入收入總額的財政性資金，凡同時符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計算應(yīng)納稅所得額時從收入總額中減除：
1.企業(yè)能夠提供資金撥付文件，且文件中規(guī)定該資金的專項用途。
2.財政部門或其他撥付資金的政府部門，對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求。
3.企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨進行核算。
第二條規(guī)定，根據(jù)《企業(yè)所得稅法實施條例》第二十八條規(guī)定，上述不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。用于支出所形成的資產(chǎn)，其計算的折舊、攤銷不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。
根據(jù)上述規(guī)定，軟件企業(yè)取得增值稅實際稅負超過3%的退稅款項，符合該文件不征稅收入的規(guī)定，因此，應(yīng)作為不征稅收入處理，部分退稅款用于研發(fā)的，不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。