自2008年1月1日起，統(tǒng)一適用于所有內(nèi)外資企業(yè)的新企業(yè)所得稅法開始實施。與原來的內(nèi)外資企業(yè)所得稅法相比，新的企業(yè)所得稅法在納稅人、應納稅所得額的計算、應納稅額的計算等方面都發(fā)生了較大的變化。其中，根據(jù)原內(nèi)資企業(yè)所得稅條例，獨立核算的不具有法人地位的分公司就是一個獨立納稅人，可以根據(jù)自己的收入、成本、費用等，計算并在當?shù)乩U納所得稅。根據(jù)原外資企業(yè)所得稅法，外商投資企業(yè)的分支機構(gòu)，雖然由總機構(gòu)統(tǒng)一繳納所得稅，但是，各分支機構(gòu)需要計算各自的應納稅所得和應納稅額。而根據(jù)新的企業(yè)所得稅法，依據(jù)中國法律注冊成立的企業(yè)，不具有法人地位的分公司不是企業(yè)所得稅的納稅人。也就是說，以前因獨立核算而具有納稅人資格的分公司在新法下將不再具有納稅人資格。那么，分公司應在何地納稅就成了一個需要迫切解決的問題，因為這可能導致不同地方的稅收利益關(guān)系發(fā)生相應變化，跨省設(shè)立分支機構(gòu)的企業(yè)在這個問題上更為突出。為解決跨省市設(shè)立分支機構(gòu)的企業(yè)應納稅所得額的計算、繳納和分享問題，財政部、國家稅務總局、中國人民銀行聯(lián)合發(fā)布的《跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預算管理暫行辦法》（財預[2008]10號，以下簡稱10號文）明確規(guī)定，跨省市設(shè)立分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅，按照統(tǒng)一規(guī)范、兼顧總機構(gòu)和分支機構(gòu)所在地利益的原則，實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的辦法。
一、主要內(nèi)容解析
1、應納稅所得額和應納稅額的計算
“統(tǒng)一計算”就是居民企業(yè)應統(tǒng)一計算包括各個不具有法人資格營業(yè)機構(gòu)在內(nèi)的企業(yè)全部應納稅所得額和應納稅額。也就是說，跨省市設(shè)立分支機構(gòu)的企業(yè)，應匯集各分支機構(gòu)的收入、成本、費用等，統(tǒng)一計算應納稅所得額和應納稅額，這也符合新所得稅法實施條例第125條關(guān)于“企業(yè)匯總計算并繳納企業(yè)所得稅時，應當統(tǒng)一核算應納稅所得額”的規(guī)定。
但是，有些企業(yè)的總機構(gòu)和分支機構(gòu)可能適用不同的稅率，如北京某高新技術(shù)企業(yè)適用15%的稅率，其設(shè)在上海的一家專門從事貿(mào)易活動的分公司可能是25%的稅率。針對這種情況，10號文規(guī)定，總機構(gòu)和分支機構(gòu)適用稅率不一致的，應分別計算應納稅所得額和應納稅額，分別按適用稅率繳納。
2、應納稅額的繳納
為兼顧總機構(gòu)和分支機構(gòu)所在地的利益關(guān)系，10號文規(guī)定，總機構(gòu)和分支機構(gòu)應分別在當?shù)匕丛禄虬醇绢A繳稅款，即“就地預繳”。
具體方法是：總機構(gòu)根據(jù)企業(yè)本期累計實際經(jīng)營成果，統(tǒng)一計算企業(yè)實際利潤額、應納稅額。將總機構(gòu)計算的應納稅額分成相等的兩部分，50%由總機構(gòu)繳納，另外的50%由分支機構(gòu)繳納。如果一個總機構(gòu)下設(shè)多家分支機構(gòu)，則再由各分支機構(gòu)按照一定的比例計算自己應在當?shù)乩U納的稅款，各分支機構(gòu)的分享比例按照各自的經(jīng)營收入，職工工資和資產(chǎn)總額三個因素和0.35、0.35、0.3的權(quán)重計算得出。具體的計算公式如下：
各分支機構(gòu)應分攤預繳額=所有分支機構(gòu)應分攤的預繳總額×該分支機構(gòu)分攤比例
所有分支機構(gòu)應分攤的預繳總額=統(tǒng)一計算的企業(yè)當期應納稅額×50%
該分支機構(gòu)分攤比例=（該分支機構(gòu)經(jīng)營收入/各分支機構(gòu)經(jīng)營收入總額）×0.35+（該分支機構(gòu)職工工資/各分支機構(gòu)職工工資總額）×0.35+（該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額/各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30
在此需要注意兩個問題：一是這里的資產(chǎn)不包括無形資產(chǎn)，因為無形資產(chǎn)不可能屬于哪個分支機構(gòu)。二是雖然根據(jù)新企業(yè)所得稅法第128條的規(guī)定，納稅人按照月度或季度的實際利潤額預繳有困難的，可以按照上一納稅年度應納稅所得額的月度或者季度平均額預繳，但這里提到的總機構(gòu)的應納稅額是根據(jù)實際經(jīng)營成果計算出來，而不是根據(jù)上年度應納稅所得額的一定比例計算。
3、應納稅額的分享
“財政調(diào)庫”就是在堅持目前所得稅由中央和地方按照60：40的比例分享的前提下，對由總機構(gòu)繳納的部分稅款，不是在中央與總機構(gòu)所在地之間分配，而是由財政部在全國各地之間進行分配。目前的所得稅是共享稅，中央占60%，企業(yè)所在地的地方占40%.10號文在中央與地方共享的問題上，雖然沒有改變目前60：40的分享比例，但是卻將總機構(gòu)繳納的部分稅款變成全國各地方共同分享。具體辦法如下：
總機構(gòu)在其所在地繳納全部稅額的50%，但是這50%又分成相等的兩部分：應納稅總額的25%就地辦理繳庫，所繳稅款由中央與總機構(gòu)所在地按照60：40分享；應納稅總額另外的25%由總機構(gòu)全額繳入中央國庫，所繳納稅款的60%為中央收入，40%由財政部按照2004~2006年各省市三年實際分享企業(yè)所得稅占地方分享總額的比例定期向各省市分配。
如果某分支機構(gòu)因適用稅率與總機構(gòu)不一致而單獨計算應納稅額的，其應納稅額也不是在該分支機構(gòu)所在地繳納，而是按照10號文的方法在總分機構(gòu)之間分配。表1比較清晰地表示了應納稅額在總分機構(gòu)之間、中央地方之間的分配關(guān)系。
4、匯算清繳
10號文規(guī)定：各分支機構(gòu)不進行企業(yè)所得稅匯算清繳，統(tǒng)一由總機構(gòu)按照相關(guān)規(guī)定進行�？倷C構(gòu)所在地稅務機關(guān)根據(jù)匯總計算的企業(yè)年度全部應納稅額，扣除總機構(gòu)和分支機構(gòu)已預繳的稅款，多退少補。
5、征收管理
稅收征管的一個基本原則是屬地征管，也就是說納稅人要接受其所在地主管稅務機關(guān)的監(jiān)管，這樣有利于提高征管效率，節(jié)約納稅人的成本。由于企業(yè)所得稅采取由總分機構(gòu)分別預繳的方式，所以其征管也采取分級管理的原則，即居民企業(yè)總機構(gòu)、分支機構(gòu)，分別由所在地主管稅務機關(guān)屬地進行監(jiān)督和管理。居民企業(yè)總機構(gòu)、分支機構(gòu)所在地的主管稅務機關(guān)都有監(jiān)管的責任，居民企業(yè)總機構(gòu)、分支機構(gòu)都要辦理稅務登記并接受所在地地主管稅務機關(guān)的監(jiān)管。
6、適用范圍
10號文適用于跨省市總分機構(gòu)企業(yè)也就是跨�。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市和計劃單列市）設(shè)立的不具有法人資格營業(yè)機構(gòu)的企業(yè)。但是，有些企業(yè)的分支機構(gòu)情況比較特殊，如分支機構(gòu)下面還有分支機構(gòu)；有些分支機構(gòu)從事生產(chǎn)經(jīng)營活動，有的則不從事生產(chǎn)經(jīng)營活動。對此，10號文明確規(guī)定，實行就地預繳企業(yè)所得稅辦法的企業(yè)暫定為總機構(gòu)和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機構(gòu)。三級及三級以下分支機構(gòu)，其經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級機構(gòu)測算。不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當?shù)夭焕U納營業(yè)稅、增值稅的產(chǎn)品售后服務、內(nèi)部研發(fā)、倉儲等企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級分支機構(gòu)以及上年度符合條件的小型微利企業(yè)及其分支機構(gòu)，不實行上述辦法。
二級分支機構(gòu)是直接隸屬于總機構(gòu)的分支機構(gòu)。適用上述辦法的分支機構(gòu)限于二級分支機構(gòu)，操作相對簡單。不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的分支機構(gòu)一般沒有收入，所以不適用上述辦法也在情理之中。
對于居民企業(yè)在境外設(shè)立分支機構(gòu)的，10號文規(guī)定，居民企業(yè)在境外設(shè)立的不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)，不實行本辦法。企業(yè)按本辦法計算有關(guān)分期預繳企業(yè)所得稅時，其實際利潤額、應納稅額及分攤因素數(shù)額，均不包括境外營業(yè)機構(gòu)。
此外，也不是所有跨省設(shè)立總分機構(gòu)的企業(yè)都適用上述辦法。鐵路運輸企業(yè)（包括廣鐵集團和大秦鐵路公司）、國有郵政企業(yè)、中國工商銀行、中國農(nóng)業(yè)銀行、中國銀行、中國建設(shè)銀行、中石油、中石化等企業(yè)繳納的企業(yè)所得稅（包括滯納金、罰款收入）為中央收入，全額上繳中央國庫，不實行本辦法。上述企業(yè)的所得稅應該由總機構(gòu)全額上繳中央財政，分支機構(gòu)不用在當?shù)丶{稅。
二、分析與評價
1、對企業(yè)組織形式的潛在影響
10號文雖然解決了總分機構(gòu)所在地的利益關(guān)系，但對居民企業(yè)而言，是設(shè)立具有法人地位的子公司還是不具有法人地位的分公司，對子公司或分公司所在地的利益影響是不同的，有可能導致地方稅務機關(guān)干預企業(yè)的組織形式。比如一家分公司生產(chǎn)經(jīng)營情況較好，自己單獨計算的應納稅額大于按照10號文計算分配的稅額，當?shù)囟悇諜C關(guān)有可能要求分公司變成子公司；反之，稅務機關(guān)有可能希望子公司變成分公司。但對企業(yè)而言，子公司是獨立納稅人，盈虧不能在企業(yè)間互抵，而分公司間的盈虧是可以互抵的，從這一點看，納稅人希望設(shè)立分公司形式。
2、總分機構(gòu)稅款分享辦法的優(yōu)缺點
應納稅額在總分機構(gòu)之間的分享采用50：50的比例，操作比較簡單，但在某些情況下，可能導致稅額分配的不合理。如總機構(gòu)在北京，承擔主要的生產(chǎn)經(jīng)營活動，在天津設(shè)立一分公司，只有少量的經(jīng)營活動，但是天津分公司也可以分享50%的應納稅額。
3、中央地方稅款分享方法的優(yōu)缺點
現(xiàn)行的中央地方分享辦法由以前的屬于地方的40%的稅款全部歸屬于企業(yè)所在地，改為25%×40%的稅款由全國各地分享，這在一定程度上削弱了總機構(gòu)所在地分享稅款的權(quán)利，但是卻會增加其他地方分享的稅額。由于設(shè)在沿海經(jīng)濟發(fā)達地區(qū)的總機構(gòu)相對較多，這種辦法有利于平衡發(fā)達地區(qū)和落后地區(qū)之間的利益關(guān)系。
4、用于分攤的稅額的計算方法
根據(jù)10號文，如果總機構(gòu)在境外設(shè)有分支機構(gòu)，則用于分攤的稅額不應包括境外分支機構(gòu)的應納稅額。這種做法有一定道理，也有利于保證中央財政的收入。但在操作上納稅人需要計算兩個應納稅額，一個是境內(nèi)總分機構(gòu)的應納稅額，一個是境外分支機構(gòu)的應納稅額，相應填寫兩張申報表，如果境內(nèi)分支機構(gòu)適用的稅率不一致，還要再另外計算應納稅額，另外填寫一張申報表，這種處理方法會給納稅人增加許多額外的負擔。
5、分支機構(gòu)征管的真空
雖然分支機構(gòu)向其所在地申報納稅，分支機構(gòu)所在地稅務機關(guān)也有監(jiān)管的責任，但是由于分支機構(gòu)向當?shù)乩U納的稅額是由總機構(gòu)分攤過來的，這將導致分支機構(gòu)所在地稅務機關(guān)的監(jiān)管蒼白無力，而總機構(gòu)所在地稅務局也難以對設(shè)在外地的分支機構(gòu)進行有效監(jiān)管。所以，如何協(xié)調(diào)稅務局之間的監(jiān)管關(guān)系，將是所得稅征管面臨的一個難題。