2009年4月30日，財政部和國家稅務總局發(fā)布了《關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（以下簡稱“通知”），通知中定義的企業(yè)重組活動包括企業(yè)法律形式改變、債務重組、股權收購、資產收購、合并、分立等方式。在實務中，通常將股權收購、資產收購和合并等幾種方式統(tǒng)稱為企業(yè)并購，即獲取企業(yè)實際控制權的一種交易方式。
（一）企業(yè)并購所得稅處理的規(guī)定
1.股權收購。股權收購中收購企業(yè)支付對價的形式包括股權支付、非股權支付或兩者的組合，但僅當股權支付的比例不低于交易支付總額的85%時才能按特殊稅務處理原則來處理所得稅。對收購企業(yè)而言，如果按一般稅務處理，收購中取得的股權應以公允價值作為計稅基礎，而如果按特殊稅務處理則可以沿用被收購股權的原有計稅基礎。對被收購企業(yè)的股東而言，如果按一般稅務處理，其應確認股權轉讓所得或損失；而如果按特殊稅務處理，被收購企業(yè)的股東取得收購企業(yè)股權的計稅基礎則以被收購股權的原有計稅基礎確定。
2.資產收購。資產收購中受讓企業(yè)支付對價的形式包括股權支付、非股權支付或兩者的組合，但僅當受讓企業(yè)在該資產收購發(fā)生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%時才能按特殊稅務處理原則來處理所得稅。總體來看，資產收購與股權收購的稅務處理原則基本一致。需要注意的是，在股權收購和資產收購中如果按特殊稅務處理，雖然對交易中股權支付暫不確認有關標的轉讓所得或損失，但對非股權支付仍應在交易當期確認相應標的轉讓所得或損失，并調整相應資產的計稅基礎。
3.企業(yè)合并。合并中合并企業(yè)如果對接受的被合并企業(yè)的資產和負債按一般稅務處理，須以公允價值作為計稅基礎；而如果按特殊稅務處理，則計稅基礎以被合并企業(yè)的原有計稅基礎確定，并且被合并企業(yè)在合并前的相關所得稅事項由合并企業(yè)承繼。如果按一般稅務處理，被合并企業(yè)及其股東都應按清算進行所得稅處理，被合并企業(yè)的虧損不得在合并企業(yè)結轉彌補；而如果按特殊稅務處理，被合并企業(yè)股東取得合并企業(yè)股權的計稅基礎以其原持有的被合并企業(yè)股權的計稅基礎確定。
（二）企業(yè)并購特殊性稅務處理的適用條件
如何判斷一宗并購交易是否符合特殊性稅務處理的條件呢？通知中規(guī)定只有同時符合下列條件的，才可適用特殊性稅務處理，除此以外按一般稅務處理：1.具有合理的商業(yè)目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；2.被收購、合并或分立部分的資產或股權比例符合本通知規(guī)定的比例；3.企業(yè)重組后的連續(xù)12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動；4.重組交易對價中涉及股權支付金額符合本通知規(guī)定比例；5.企業(yè)重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續(xù)12個月內，不得轉讓所取得的股權。
上述第2條和第4條所稱的規(guī)定比例可以概括為：購買標的不低于75%，股權支付不低于85%。具體來看，在股權收購中，收購企業(yè)購買的股權不低于被收購企業(yè)全部股權的75%，且收購企業(yè)在該股權收購發(fā)生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%；在資產收購中，受讓企業(yè)收購的資產不低于轉讓企業(yè)全部資產的75%，且受讓企業(yè)在該資產收購發(fā)生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%；在合并中，企業(yè)股東在該企業(yè)合并發(fā)生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業(yè)合并。
對于跨國并購，也即涉及中國境內與境外之間（包括港澳臺地區(qū)）的股權和資產收購交易，除應符合上述五條基本的判別條件外，還應同時符合下列條件，才可選擇適用特殊性稅務處理規(guī)定：1.非居民企業(yè)向其100%直接控股的另一非居民企業(yè)轉讓其擁有的居民企業(yè)股權，沒有因此造成以后該項股權轉讓所得預提稅負擔變化，且轉讓方非居民企業(yè)向主管稅務機關書面承諾在3年（含3年）內不轉讓其擁有受讓方非居民企業(yè)的股權；2.非居民企業(yè)向與其具有100%直接控股關系的居民企業(yè)轉讓其擁有的另一居民企業(yè)股權；3.居民企業(yè)以其擁有的資產或股權向其100%直接控股的非居民企業(yè)進行投資；4.財政部、國家稅務總局核準的其他情形。
在企業(yè)并購所得稅處理新政策的具體應用中，并購交易主體在并購交易構造時應首先判斷交易是否有可能符合特殊性稅務處理的條件，如果符合納稅遞延的條件，還應進一步評估選用特殊性稅務處理帶來的財務影響，從而為交易定價及節(jié)稅利益如何在買賣雙方間分配的談判提供依據(jù)。