案例：某房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)于2008年初以支付土地出讓金300萬元的代價取得某小區(qū)商品房開發(fā)項目，由于資金周轉(zhuǎn)等原因，企業(yè)取得土地使用權(quán)后，直到2009年2月份才動工建設(shè)，為此，當(dāng)?shù)貒敛块T責(zé)令其繳納土地出讓金20%（即60萬元）的土地閑置費。今年6月上旬小區(qū)商品房全部銷售完畢。企業(yè)已完成2009年企業(yè)所得稅匯算清繳，目前正按稅務(wù)機關(guān)要求進行土地增值稅清算事宜。企業(yè)在進行所得稅匯算清繳時，土地閑置費被允許扣除，但在土地增值稅清算時，稅務(wù)機關(guān)卻不允許作為扣除項目。企業(yè)財務(wù)人員很是不解，這是為什么呢？
這里需要說明的是，征收土地閑置費，是屬于行政事業(yè)性收費行為，并不屬行政處罰行為，無論是此前的《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)業(yè)務(wù)征收企業(yè)所得稅問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕31號）還是國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理辦法》的通知（國稅發(fā)〔2009〕31號）均明確規(guī)定，開發(fā)企業(yè)以出讓方式取得土地使用權(quán)進行房地產(chǎn)開發(fā)的，必須按照土地使用權(quán)出讓合同約定的土地用途、動工開發(fā)期限開發(fā)土地。因超過出讓合同約定的動工開發(fā)日期而繳納的土地閑置費，土地閑置費可作為土地征用費及拆遷補償費項目在開發(fā)產(chǎn)品計稅成本支出中扣除。因此，土地閑置費可以在企業(yè)所得稅前據(jù)實扣除。
另外，國稅發(fā)〔2009〕31號文件第二十二條還明確規(guī)定，企業(yè)因國家無償收回土地使用權(quán)而形成的損失，可按照國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《企業(yè)資產(chǎn)損失稅前扣除管理辦法》的通知（國稅發(fā)〔2009〕88號）第三條的規(guī)定，可作為財產(chǎn)損失，在按稅收規(guī)定實際確認或者實際發(fā)生的當(dāng)年申報扣除。
按照《國務(wù)院關(guān)于堅決遏制部分城市房價過快上漲的通知》（國發(fā)〔2010〕10號）要求，稅務(wù)部門要嚴格按照稅法和有關(guān)政策規(guī)定，認真做好土地增值稅的征收管理工作，對定價過高、漲幅過快的房地產(chǎn)開發(fā)項目進行重點清算和稽查�；趪l(fā)〔2010〕10號文件的規(guī)定性要求，《國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）作出了房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)逾期開發(fā)繳納的土地閑置費不得扣除的原則性規(guī)定。
因此，稅務(wù)機關(guān)在企業(yè)所得稅匯算清繳和土地增值稅清算中對于土地閑置費的不同處理方式，均有法可依，有據(jù)可查，企業(yè)應(yīng)區(qū)別對待，區(qū)別處理。