（1）扣繳義務(wù)人確定問題

對遠(yuǎn)洋船員與勞務(wù)公司簽訂用工合同，船員的工資由勞務(wù)公司和船東分別支付的情形，勞務(wù)公司和船東應(yīng)分別就支付金額代扣代繳個人所得稅，遠(yuǎn)洋船員應(yīng)將兩處取得的工資薪金所得進(jìn)行合并，自行申報個人所得稅。

（2）附加減除費用適用問題

根據(jù)《國務(wù)院關(guān)于修改〈中華人民共和國個人所得稅法實施條例〉的決定》(中華人民共和國國務(wù)院令第600號)文件規(guī)定：“國務(wù)院決定對《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》作如下修改：二、第二十七條修改為：“稅法第六條第三款所說的附加減除費用，是指每月在減除3500元費用的基礎(chǔ)上，再減除本條例第二十九條規(guī)定數(shù)額的費用。”三、第二十九條修改為：“稅法第六條第三款所說的附加減除費用標(biāo)準(zhǔn)為1300元。”

（3）特殊行業(yè)計稅辦法適用問題

根據(jù)《中華人民共和國個人所得稅法》第九條第二款及其《實施條例》第四十條，遠(yuǎn)洋運輸業(yè)、遠(yuǎn)洋捕撈業(yè)等特定行業(yè)人員的工資薪金所得應(yīng)納的稅款，可以實行按年計算、分月預(yù)繳的方式計征。