最近，國(guó)家稅務(wù)總局先后下發(fā)《關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)稅函[2010]220號(hào)）和《關(guān)于加強(qiáng)土地增值稅征管工作的通知》（國(guó)稅發(fā)[2010]53號(hào)），就加強(qiáng)土地增值稅征收管理（清算）工作作出進(jìn)一步規(guī)定。
統(tǒng)一規(guī)定并適當(dāng)提高預(yù)征率
稅法規(guī)定，土地增值稅清算前要實(shí)行按收入的一定比例預(yù)征，該預(yù)征率由各地自行確定。但大多數(shù)地方規(guī)定的預(yù)征率偏低，導(dǎo)致大部分房地產(chǎn)開發(fā)商不愿意進(jìn)行清算補(bǔ)稅。因此，本次國(guó)稅發(fā)[2010]53號(hào)文件提出要科學(xué)合理制定預(yù)征率，并直接確定最低預(yù)征率。文件規(guī)定，除保障性住房外，東部地區(qū)省份預(yù)征率不得低于2%，中部和東北地區(qū)省份不得低于1.5%，西部地區(qū)省份不得低于1%，各地要根據(jù)不同類型房地產(chǎn)確定適當(dāng)?shù)念A(yù)征率（地區(qū)的劃分按照國(guó)務(wù)院有關(guān)文件的規(guī)定執(zhí)行）。
核定征收比例提高
土地增值稅的計(jì)征辦法有查賬清算和按收入的固定比例核定征收兩種方式，采取核定征收方式的，無(wú)論開發(fā)項(xiàng)目利潤(rùn)是多少，都按固定比例納稅。因此，部分房地產(chǎn)企業(yè)為了少繳土地增值稅，以各種理由選擇核定納稅。國(guó)稅發(fā)[2010]53號(hào)文件第四條要求規(guī)范核定征收，堵塞稅收征管漏洞。文件指出，核定征收必須嚴(yán)格依照稅收法律法規(guī)規(guī)定的條件進(jìn)行，任何單位和個(gè)人不得擅自擴(kuò)大核定征收范圍。凡擅自將核定征收作為本地區(qū)土地增值稅清算主要方式的，必須立即糾正。對(duì)確需核定征收的，要嚴(yán)格按照稅收法律法規(guī)的要求，從嚴(yán)、從高確定核定征收率。為了規(guī)范核定工作，核定征收率原則上不得低于5%，各省級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)要結(jié)合本地實(shí)際，區(qū)分不同房地產(chǎn)類型制定核定征收率。
按售房合同金額確認(rèn)收入
土地增值稅清算時(shí)，有些房地產(chǎn)公司遲遲不給購(gòu)房者開具發(fā)票，從而影響對(duì)收入的確認(rèn)。鑒于此，國(guó)稅函[2010]220號(hào)文件在收入確認(rèn)方面規(guī)定，土地增值稅清算時(shí)，已全額開具商品房銷售發(fā)票的，按照發(fā)票所載金額確認(rèn)收入。未開具發(fā)票或未全額開具發(fā)票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認(rèn)收入。銷售合同所載商品房面積與有關(guān)部門實(shí)際測(cè)量面積不一致，在清算前已發(fā)生補(bǔ)、退房款的，應(yīng)在計(jì)算土地增值稅時(shí)予以調(diào)整。
未取得發(fā)票的開發(fā)成本不得扣除
土地增值稅清算一般在項(xiàng)目完工并大部分銷售后，因此，計(jì)提的以及未開具發(fā)票的成本費(fèi)用不得計(jì)入扣除項(xiàng)目，即使是扣留的質(zhì)量保證金部分也是如此。國(guó)稅函[2010]220號(hào)文件第二條規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在工程竣工驗(yàn)收后，根據(jù)合同約定，扣留建筑安裝施工企業(yè)一定比例的工程款，作為開發(fā)項(xiàng)目的質(zhì)量保證金，在計(jì)算土地增值稅時(shí)，建筑安裝施工企業(yè)就質(zhì)量保證金對(duì)房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開具發(fā)票的，按發(fā)票所載金額予以扣除。未開具發(fā)票的，扣留的質(zhì)量保證金不得計(jì)算扣除。
房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用按比例計(jì)算扣除
房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用只包括管理費(fèi)用、銷售費(fèi)用和財(cái)務(wù)費(fèi)用。財(cái)務(wù)費(fèi)用中的利息費(fèi)用，扣除獨(dú)立計(jì)算，已經(jīng)計(jì)入房地產(chǎn)開發(fā)成本的利息支出，應(yīng)調(diào)整至財(cái)務(wù)費(fèi)用中計(jì)算扣除。即不計(jì)入開發(fā)成本中扣除，不實(shí)行加計(jì)扣除。國(guó)稅函[2010]220號(hào)文件規(guī)定：
1.財(cái)務(wù)費(fèi)用中的利息支出，凡能夠按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項(xiàng)目計(jì)算分?jǐn)偛⑻峁┙鹑跈C(jī)構(gòu)證明的，允許據(jù)實(shí)扣除，但最高不能超過(guò)按商業(yè)銀行同類同期貸款利率計(jì)算的金額。其他房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用，按照“取得土地使用權(quán)所支付的金額”與“房地產(chǎn)開發(fā)成本”金額之和的5%以內(nèi)計(jì)算扣除。
2.凡不能按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項(xiàng)目計(jì)算分?jǐn)偫⒅С龌虿荒芴峁┙鹑跈C(jī)構(gòu)證明的，房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用按“取得土地使用權(quán)所支付的金額”與“房地產(chǎn)開發(fā)成本”金額之和的10%以內(nèi)計(jì)算扣除。全部使用自有資金，沒(méi)有利息支出的，按照以上方法扣除。對(duì)此，部分省市明確規(guī)定，沒(méi)有利息支出的，只能按規(guī)定在5%之內(nèi)計(jì)算扣除。
拆遷安置房既算收入也算扣除
房地產(chǎn)企業(yè)的拆遷補(bǔ)償支出，在計(jì)算土地增值稅時(shí)，計(jì)入開發(fā)成本。但如果房地產(chǎn)企業(yè)用自行開發(fā)建造的房產(chǎn)項(xiàng)目安置回遷戶，安置用房視同銷售處理，按照《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)稅發(fā)[2006]187號(hào)）第三條第一項(xiàng)的規(guī)定確認(rèn)收入，同時(shí)，將此確認(rèn)為房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目的拆遷補(bǔ)償費(fèi)。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)支付給回遷戶的補(bǔ)差價(jià)款，計(jì)入拆遷補(bǔ)償費(fèi)。回遷戶支付給房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)的補(bǔ)差價(jià)款，應(yīng)抵減本項(xiàng)目拆遷補(bǔ)償費(fèi)。如開發(fā)企業(yè)采取異地安置，異地安置的房屋屬于自行開發(fā)建造的，房屋價(jià)值也要按規(guī)定計(jì)算收入，同時(shí)計(jì)入本項(xiàng)目的拆遷補(bǔ)償費(fèi)。異地安置的房屋屬于購(gòu)入的，以實(shí)際支付的購(gòu)房支出計(jì)入拆遷補(bǔ)償費(fèi)。對(duì)于貨幣安置拆遷的，企業(yè)應(yīng)憑合法有效憑據(jù)計(jì)入拆遷補(bǔ)償費(fèi)。
國(guó)稅函[2010]220號(hào)文件同時(shí)規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)逾期開發(fā)繳納的土地閑置費(fèi)不得扣除。雖然此項(xiàng)費(fèi)用可以在企業(yè)所得稅稅前扣除，但計(jì)算土地增值稅時(shí)，不得扣除。文件對(duì)實(shí)踐中不明確的企業(yè)為取得土地使用權(quán)所支付的契稅，允許計(jì)入“取得土地使用權(quán)所支付的金額”中扣除。